Trama

Trascorsi due anni e mezzo, Naruto, più grande e più maturo, ritorna al Villaggio della Foglia dopo essere stato addestrato da Jiraiya. Qui rincontra i vecchi compagni Sakura e il maestro Kakashi; Temari e Shikamaru gli comunicano che Gaara è diventato il nuovo Kazekage. Intanto al Villaggio della Sabbia il Kazekage viene rapito dopo un duro scontro con due membri dell'Akatsuki: Deidara e Sasori, che insieme agli altri membri, procederanno all'estrazione del Demone tasso monocoda, che risiede in Gaara per poter, dopo aver raccolto i Cercoteri (Demoni con le Code) di tutti i Jinchuuriki, sviluppare una nuova, micidiale tecnica con la quale si possa distruggere un intero Paese [4]. Il Team Gai e il Team Kakashi vanno in soccorso del Villaggio della Sabbia, ed insieme all'anziana Chiyo, nonna di Sasori, arrivano di fronte all'entrata del nascondiglio dell'Organizzazione. Il Team Gai è costretto a combattere contro alcuni cloni, che impediscono loro di dare supporto agli altri. Questi ultimi si dividono: Sasori inizia uno scontro con Sakura e Chiyo mentre Deidara si fa inseguire da Kakashi e Naruto. Sasori verrà ucciso da Sakura e Chiyo, ma prima di morire questi rivela a Sakura di trovarsi 10 giorni più tardi al Ponte del Cielo e della Terra (???, tenchikyo?) per incontrare una spia di Orochimaru. Deidara è costretto a ritirarsi a causa del nuovo Sharingan Ipnotico di Kakashi. Chiyo, grazie a una tecnica di reincarnazione, riesce a riportare Gaara in vita sacrificando la sua.
Ritornati al villaggio, Kakashi viene costretto a letto a causa dello sforzo compiuto per aver utilizzato lo Sharingan Ipnotico più volte, e quindi al Team 7 viene assegnato un nuovo capitano temporaneo di nome Yamato, un Jonin in grado di usare le tecniche del Primo Hokage e al posto di Sasuke, un giovane di nome Sai. Il Team parte alla volta del Ponte del Cielo e della Terra per catturare la spia, che si rivelerà essere Kabuto, in realtà ancora fedele ad Orochimaru. Quando Orochimaru appare, Naruto perde il controllo ed il chakra intorno a lui prende la forma di una Volpe a quattro code. Il ragazzo ritorna in sé dopo aver ferito Sakura, che viene curata da Kabuto; Naruto fa quindi sigillare il chakra della Volpe da Yamato, in modo da non doverlo più utilizzare e non perdere nuovamente il controllo. Orochimaru riesce a fuggire dal campo di battaglia assieme a Kabuto e Sai, fintosi suo alleato. La squadra riesce ad infiltrarsi nel rifugio del nemico. Entrati, scoprono che in realtà Sai fa parte di un team speciale, La Radice, che si occupa, in gran segreto, di assassinare i ninja traditori. Così si scopre che in realtà l'obiettivo di Sai è uccidere Sasuke. Dopo poco Sai, raggiunto dagli altri compagni, incontra Sasuke che rivela di essere disposto pure a sacrificare la sua anima pur di uccidere il fratello. Sai, allora, rivela di aver abbandonato il suo scopo principale nella missione e che il legame tra Naruto e Sasuke gli ricorda quello che lo legava a suo fratello, perciò decide di aiutare Naruto a ricostruirlo. Sasuke, per capriccio, tenta di uccidere il suo team ma viene fermato da Orochimaru che vede nella Foglia degli alleati per sconfiggere Alba. Il Team Yamato torna così al villaggio.
Naruto intraprende un nuovo allenamento per creare una nuova tecnica, durante il quale scopre la natura del suo chakra, di tipo vento. Kakashi aiuta Naruto nell'allenamento insieme a Yamato. Lo scopo dell'allenamento consiste nel cercare di fondere il chakra di tipo vento con il Rasengan. Intanto l'Organizzazione Alba ha catturato i demoni a due e tre code e distrutto un tempio nel Paese del Fuoco. Due dei suoi membri, Kakuzu e Hidan, in uno scontro con i ninja della Foglia, uccidono Asuma Sarutobi, maestro di Shikamaru. Questi due membri hanno una capacità straordinaria: sono entrambi "immortali" (Hidan, dopo essere stato decapitato, riesce a parlare tranquillamente mentre Kakuzu possiede cinque cuori, che strappa ai nemici mentre sono ancora vivi e potendo così disporre di tutti i tipi di chakra). Dopo la morte di Asuma, Shikamaru, insieme al Team 10 capitanato da Kakashi, promette di vendicare il suo maestro e, dopo una breve ricerca, il team si imbatte con Hidan e Kakuzu. Inizia così il combattimento, in cui Shikamaru riesce a sconfiggere Hidan seppellendolo vivo nella foresta del clan Nara, mentre è solo grazie all'intervento del Team 7 che viene scoonfitto anche l'apparentemente immortale Kakuzu. Naruto coglie i frutti del suo allenamento speciale, riuscendo a sconfiggere Kazuku con il solo utilizzo della sua nuova tecnica, Arte del vento - Shuriken rotante (??·?????, Futon - Rasen Shuriken?).
Sasuke decide che Orochimaru non ha più nulla da insegnargli e per questo, approfittando del suo momento di debolezza dovuto al rigetto dell'attuale corpo, lo attacca. Il Sannin cerca di impossessarsi del corpo di Sasuke ma questi, grazie al suo Sharingan, ribalta la tecnica: assorbe tutte le tecniche di Orochimaru e lo uccide. Kabuto però riesce a trapiantarsi delle cellule del suo maestro, che poco a poco si impadroniranno di tutto il corpo. In seguito Sasuke libera Suigetsu Hozuki, un prigioniero di Orochimaru ed ex allievo di Zabuza Momochi. Al Team si aggiunge anche una sottoposta di Orochimaru, Karin, insieme alla quale liberano Jugo, l'origine del Segno maledetto. Sasuke fonda così il Team Hebi (serpente), che ha lo scopo di trovare Itachi Uchiha e ucciderlo. Anche il Team 8 (con capitano Kakashi) e il Team Yamato partono alla ricerca di Itachi. Deidara e Tobi incontrano Sasuke, il quale spinge Deidara, al termine di un lungo scontro, all'autodistruzione. Vengono rivelati i volti e i nomi di Pain (probabile leader dell'organizzazione), e di Konan (la ragazza al fianco di Pain), nonché i nomi della madre e del padre di Naruto, rispettivamente Kushina Uzumaki e Minato Namikaze, il Quarto Hokage. Sasuke incontra Itachi ma questi riesce a scappare, intimando al fratello di raggiungere il rifugio segreto degli Uchiha, dove potranno concludere il loro scontro.
Intanto Jiraiya parte per una nuova missione che lo vedrà impegnato nel Villaggio della Pioggia a carpire informazioni riguardo l'Akatsuki e Pain. Pain è in possesso della più potente delle tre tecniche oculari: il Rin'negan, che gli permette di utilizzare tutti e sei i tipi di chakra e di creare fino a sei cloni, ognuno con una particolare abilità. Durante lo scontro tra Jiraiya e Pain (suo vecchio allievo), questi crea altre due copie che possiedono la sua stessa abilità innata ma dopo un lungo scontro Jiraiya ha la meglio grazie all'aiuto di due rospi molto potenti: Mà e Pà, capaci di creare un'illusione che riesce a confondere persino l'abilità di Pain. Inaspettatamente, Pain evoca altre tre copie e, con un colpo a sorpresa, taglia un braccio a Jiraiya. La battaglia ricomincia e Jiraiya scopre la vera natura del Rin'negan ed il modo per sconfiggerlo. Tuttavia per lui è troppo tardi e muore poco dopo aver inviato uno dei due rospi al Villaggio della Foglia per comunicare quanto ha scoperto.
Nel frattempo, nel covo segreto degli Uchiha, inizia lo scontro finale tra Itachi e Sasuke, che si conclude con la morte di Itachi, quando questi ha la vittoria in pugno. Tobi tiene impegnati gli 8 di Konoha mentre Kisame Hoshigaki combatte contro i membri del Team Hebi. Alla fine dello scontro, Sasuke cade svenuto e viene rapito da Tobi (avvertito da Zetsu che ha osservato tutto l'incontro), il quale, dopo aver confermato di essere Madara Uchiha, gli rivela i veri sentimenti di Itachi, che, in realtà, ha sempre cercato di proteggere Sasuke, e che lo sterminio del Clan Uchiha fu organizzato per ordine del consiglio di Konoha, per la salvaguardia del Villaggio. Per questo motivo, Sasuke cambia il nome del Team Hebi in Team Taka (falco) con l'obiettivo di radere al suolo Konohagakure. Successivamente su mediazione di Madara, il team Taka decide di appoggiare i restanti componenti dell'Alba, promettendo di aiutarli nella ricerca dei due ultimi cercoteri. Nel frattempo arriva al Villaggio della Foglia la notizia della morte di Jiraiya, e Tsunade incarica Shikamaru Nara di decifrare il codice trasmesso dal ninja leggendario mentre Shizune con alcuni collaboratori inizia a lavorare sul cadavere di Pain che Jiraiya era riuscito ad uccidere e a far arrivare al Villaggio. Mentre Shikamaru e gli altri scoprono un messaggio segreto nel codice, Naruto sembra deciso a vendicare la morte del suo maestro e così Fukusaku lo convince a seguirlo per allenarsi nelle tecniche eremitiche sul monte Myoboku, come anni prima aveva fatto lo stesso Jiraiya. Nel frattempo Sasuke e il suo team riescono a scoprire la posizione del Demone a otto code iniziando così un duro scontro per la cattura di quest'ultimo, il quale fin dal primo momento si dimostra molto forte, ma nonostante si trasformi nel suo cercoterio, verrà sconfitto dall'Amaterasu di Sasuke. Nel frattempo alcuni ninja del Villaggio della Nuvola avvertono il Raikage che suo fratello è stato catturato dall'Organizzazione Alba e quest'ultimo invia una squadra di ninja per salvarlo. L'Hachibi è però riuscito a sfuggire ad Alba grazie a una tecnica della sostituzione in combinazione col demone. Naruto intanto continua a fare progressi, fino a completare l'allenamento e riceve il primo libro scritto da Jiraiya.
Nel frattempo Pain e Konan giungono a Konoha e iniziano ad attaccarla. Sin da subito i due membri di Alba si dimostrano molto forti e ciò spinge Tsunade a richiamare Naruto, in quanto "ragazzo della profezia", il quale però non riesce ad essere richiamato a causa di Danzou. Kakashi e il clan Akimichi combattono contro due dei corpi di Pain. Alla fine del combattimento, Kakashi, gravemente ferito da un chiodo lanciato da Pain e Choza Akimichi sono a terra immobili. Mentre Chouji si dispera per la sorte dei due ninja, accade l'inaspettato: Kakashi è ancora vivo e dice al giovane ninja di andare da Tsunade e avvertirla dei poteri del nemico. Ma Pain lancia un attacco contro Chouji. Il ninja copiatore, nonostante abbia poco chakra, utilizza lo Sharingan Ipnotico per fermare l' attacco, benché sappia che se lo usasse morirebbe. Kakashi crolla mandando l'ultimo pensiero ai suoi compagni Obito, a Rin e a suo padre, Sakumo Hatake. Anche Ebisu e Konohamaru stanno combattendo contro Pain. Intanto Naruto tenta la fusione con Fukusaku, che però non riesce a causa dello spirito della Volpe a Nove Code. Al villaggio Shizune arriva da Ibiki e Inoichi per informarli di quanto scoperto analizzando il cadavere portato da Jiraiya, ma arriva un altro Pain che legge nel pensiero di Shizune e scopre dove si trova Naruto. In seguito il Regno Umano estrae l'anima a Shizune e viene evocato fuori dal villaggio con gli altri corpi dal Regno Animale. Dopo lo Shinra Tensei di Pain arriva Naruto in Modalità Eremita, evocato da Shima con Fukusaku, Gamakichi, Gamabunta, Gamaken e Gamasushi. Naruto dimostra subito di essere nettamente migliorato, tanto che riesce a sconfiggere 4 Pain senza difficoltà,facendo uso di nuove tecniche,tra cui un enorme Rasenshuriken che Naruto può lanciare e il Rasenrengan, ovvero un doppio Rasengan. Però Naruto esaurisce il senjutsu ma, grazie a delle copie a cui aveva infuso il chakra della modalità eremita e lasciate al monte Myoboku, riesce a riacquisirlo evocandole e facendole sparire. Ma Preta-Pain, precedentemente ucciso da Naruto, viene riportato in vita dal Regno Infernale e assorbe il Rasenshuriken lanciato da Naruto contro Regno Divno. Il ninja della Foglia dimostra la sua maturità facendo una cosa simile a quello che è successo precedentemente nello scontro con Kakuzu: Prima lancia un Rasenrengan e alza un gran polverone, poi lancia un altro Rasenshuriken che viene assorbito dal Preta-Pain ma in realtà quel Rasenshuriken non è altro che Naruto che si era trasformato. A quel punto atterra Preta-Pain e dalle sue spalle viene lanciato un altro Rasenshuriken per colpire Regno Divino che però ha recuperato i poteri dopo la Shinra Tensei e respinge l'attacco! Ma un'altra copia di Naruto arriva dall'alto e colpisce con un Rasenrengan il Regno Infernale, distruggendolo. A quel punto Regno Divino usa nuovamente lo Shinra Tensei per respingere via le due copie di Naruto prima che una di queste colipisca Preta-Pain. Allora Gamabunta, Gamaken e Gamasushi attaccano Regno Divino ma quest'ultimo usato sempre la sua tecnica le respinge fuori dal villaggio. Intanto Pa e Ma si preparano a fare il Canto del Rospo per sconfiggere Regno Divino poichè non è possibile colpirlo con Ninjustu e Taijustu ma Naruto viene attirato dal Deva Pain verso di lui e viene bloccato da Preta-Pain che scopriamo avere un nuovo potere assorbendo l'energia naturale di Naruto lasciandolo privo di forze.